Le club de natation à été créé dans la continuité de la construction de la piscine des Clairs bassins le 20 décembre 1976 (piscine construite en 1975), et inscrit au journal officiel sous le N° 6700. Ayant connu des fortunes diverses, nombre de bureaux se sont succédés avec plus ou moins de réussite. 

Néanmoins, deux présidents ont marqués l’histoire de la section. 

Guy Roy, Maître Nageur de la commune de La Charité sur Loire est à l’origine de la création de la section natation. D’abord comme entraîneur, puis un peu plus tard comme président. 

Jacques Dugougeat ensuite, qui a cumulé avec bonheur les postes de président de notre section avec celle de président du comité départemental de natation. Il a notamment mis en place la seule section sport étude de natation que le département de La Nièvre ait connu. 

Sur le plan sportif, notons les excellents résultats de David BINDA, qui a représenté la natation Charitoise jusqu’au niveau interrégional (qui correspond aujourd’hui au niveau N3) dans les années 85 – 86. Il faut ensuite attendre les années 98 – 99 – 2000 pour voir émerger Jeremy Saulnier et  François Stimac, Champions de bourgogne et participation pour le premier nommé aux championnats national 3.

Exclusivement tournée sur la natation sportive, la section a toutefois eu en son sein une section loisir « aquagym » et une section « master », par intermittence sans que ces périodes soient pérennisés par les bureaux successifs. 

L’arrivée de Fabien Bois en 2003-2004 comme entraîneur permet une restructuration et un renouveau dans les lignes d’eau. Ce renouveau permet à des nageurs comme Valentin Marillier, Emanuel Fleurier, Rodolphe Chemarin ou encore la nageuse Elodie Deboutin de sortir du « creux » de la vague et d’atteindre le niveau interrégionnal (ou National 3). Valentin et Rodolphe se qualifient  aux Championnats N2 et ce dernier marche sur la troisième marche du podium  au 50 mètres brasse. Rodolphe participe également aux Championnats de France Minimes à Lille.

En 2019, Mahé Bois ( 200 dos ) et Enguerrand AMAT ( 200 Brasse ) se qualifie aux championnats de France Jeunes à Tarbes.

En 2024, l'équipe "Dame" se qualifie aux interclubs régionaux, puis Salomé CORTET , nouvelle détentrice du record départemental tout bassin du 50 Brasse, championne Bourgogne Franche-Comté 50 et 100 Brasse,  se qualifie sur ces mêmes nages aux championnats de France N2 où elle participe à deux finales?

La section explose alors son compteur de licenciés pour atteindre le nombre de 230 sur la saison 2021/2022, puis 260 lors de la saison 2023/2024. La section se diversifie désormais en proposant les activités « Aquagym », «Natation sportive », « Natation loisirs pour tous » ou encore «Nagez Forme Santé »